Titres
• Vainqueur de la coupe d’Italie avec l’Inter Milan en 2011
• Vainqueur de la coupe d’Asie en 2011
• Champion de Turquie avec Galatasaray en 2018 et 2019
Sélections
• 122 sélections avec le Japon, depuis 2008, 4 buts inscrits
| Saison | Ligue 1 | Coupe de la ligue | Coupe de France | Coupe d'Europe | Total matchs | Total buts |
| 2020/2021 | 22m 0b | 0m 0b | 1m 0b | 1m 0b | 24 | 0 |
Nagatomo commence sa carrière professionnel en 2007 au FC Tokyo.
Il dispute les JO de Pékin, en 2008, avec le Japon. Il est sélectionné pour la première fois chez les A lors de la même année. Nagatomo fait partie du groupe des vingt-trois sélectionnés pour la coupe du monde de football 2010. À l’issue de celle-ci, il débarque en Europe, à Cesena, où il est prêté par le FC Tokyo.
En , il participe à la coupe d’Asie au Qatar et délivre notamment la passe décisive du but victorieux en finale face à l’Australie. Il est élu meilleur arrière gauche de la compétition. Le 31 janvier 2011, Cesena prête le Japonais à l’Inter Milan, avec une option d’achat fixée à 6 M€. Six mois plus tard, le latéral gauche s’engage définitivement avec les Nerazzurri. Il restera jusqu’au 31 janvier 2018 à l’Inter, avant d’être prêté à Galatasaray, en Turquie.
Fin de saison 2017-18, le club stambouliote lève l’option d’achat du joueur, estimée à hauteur de 7 M€. Le Japonais évoluera deux saisons deux plus en Süper Ligue.
Depuis le 30 juin 2020, Nagatomo est sans club, il s’engage officiellement avec l’OM le 31 août 2020 !
